בשטח האיגוד עוברים מספר נחלים, העיקריים הם נחל שקמה, נחל לכיש, נחל אבטח, נחל האלה, נחל יואב, נחל גיאה, נחל עובד, ונחל חנון.

האיגוד משתתף בוועדת ההיגוי לאגן שקמה והקים וועדות היגוי לנחל האלה ולוואדי חממה-נחל אבטח. מטרות ועדות ההיגוי, בין היתר, הן לתת מענה לבעיות סביבתיות ולמפגעים הקיימים בשטח והמהווים מטרד עבור המערכת האקולוגית ועבור תושבי האזור. האיגוד פועל למניעת זיהום הנחלים ע"י שפכים ופסולת מסוגים שונים ומניעת המלחה. כמו כן, האיגוד מנהל אירועי חירום של הזרמות לנחלים, מסייע לרשויות במציאת פתרונות לאירועי הזרמה לא חוקיים החוזרים על עצמם ומנחה את התאגידים והרשויות בדיווח על אירועי הזרמה וביצוע תחקיר אירוע.

ככלל, הזרמות לנחלים (לרבות מי קולחין, מי רכז ושפכים) אסורה על פי חוק המים, התשי"ט- 1959, אלא אם כן מנהל רשות המים שוכנע אחרת, לאחר קבלת המלצה מהוועדה המייעצת לעניין צווי הרשאה להזרמה לנחלים.

למידע על צווי הרשאה להזרמה לנחלים מהאתר של המשרד להגנת הסביבה